No ISEC Lisboa a Investigação Científica é enquadrada pela Direção Geral de Investigação e Desenvolvimento (DGID) que se constitui como uma unidade transversal às Escolas e Unidades de Investigação do ISEC Lisboa e, que tem como missão promover a cultura científica do ISEC Lisboa.
O macroprocesso de Investigação Científica e Desenvolvimento Tecnológico encontra-se desdobrado em diversos processos secundários que se constituem como grandes áreas de atuação e processos terciários (ações, operacionalizadas através de regulamentos e procedimentos no âmbito do SIGQ-ISEC Lisboa), tendo sido criado um conjunto de indicadores de acompanhamento do SIGQ-ISEC Lisboa (os quais podem ser consultados no Manual da Qualidade), no que respeita às suas áreas de intervenção: