A estrutura financeira desenhada pelo ISEC Lisboa evidencia-se como uma ferramenta de apoio à gestão, que utiliza estratégias com base em indicadores quantitativos e qualitativos mensuráveis. Esta é realizada com o objetivo de garantir a estabilidade da organização, facilitando a tomada de decisão e a avaliação dos investimentos que se revelem necessários ao bom funcionamento da instituição. Todas as atividades estão interligadas do ponto de vista financeiro, e como tal é fundamental a definição e acompanhamento de procedimentos administrativos e contabilísticos de controlo e de auditoria interna, assim como a sua gestão orçamental e de tesouraria. A gestão orçamental apresenta-se no ISEC Lisboa como o elo entre o planeamento e o controlo pois permite a coordenação de todas as suas atividades e estabelece um compromisso com os objetivos da organização.